A partir du XVème siècle

Le nom de Pradines se trouve juste mentionné dans les actes d'hommage des seigneurs de Labéraudie à l'entrée solennelle des nouveaux prélats dans leur ville épiscopale. C'est de Pradines qu'ils partaient assez souvent pour se rendre à cette cérémonie (du fait que les évêques logés à Mercuès traversaient le Lot à Pradines pour se rendre à Cahors, la route rive droite n'existant pas), suivis d'un fastueux cortège, et précédés du seigneur de Labéraudie et Cessac, leur premier vassal.

En 1470, l'évêque de Cahors, Antoine d'Alamand donna ses coutumes aux habitants de Pradines. Outre les privilèges ordinaires, comme le droit de se gouverner eux-mêmes, de nommer des consuls, de lever l'impôt, les habitants eurent le droit de pêche, qui était une des faveurs les plus enviées à cette époque.

En même temps qu'ils offraient ces libertés communales, les co-seigneurs se virent aussi obligés de relever de ses ruines l'église paroissiale qui avait beaucoup souffert de la guerre. Selon des pouillés du diocèse, cette église faisant partie de la mense épiscopale, était confiée aux soins d'un prieur nommé par l'évêque, et que suppléait un vicaire perpétuel dont l'évêque s'était également réservé la nomination... Cette église avait une annexe : Flaynac, que le recteur de l'église Saint-Pierre de Cahors disputa longtemps au prieur de Pradines. Ils en touchaient les dîmes par moitié, et y faisaient le service à tour de rôle. Mais vers 1679, un arrêt du Parlement de Toulouse donna droit au prieur de Pradines de percevoir tous les fruits de l'église de Flaynac. Un siècle plus tard, Pradines avait une autre annexe, celle de Flottes.

La période des guerres de religion n'a pas laissé de trace dans les ouvrages d'histoire, mais sûrement, comme à Cahors la voisine, bon nombre d'habitants ont dû se convertir à la religion réformée.

Vers 1680, les lazaristes vinrent s'établir à Pradines dans une propriété située entre le bourg et l'église, qu'ils tenaient de M. de Laroche, prêtre et chanoine de la cathédrale de Cahors. Ils en firent une maison de campagne, pour eux et les élèves du grand séminaire dont l'évêque Alain de Solminihac, le grand réformateur, leur avait confié la direction, et y construisirent une chapelle aujourd'hui transformée en ferme.

Selon René Prat, « Il y avait, en 1680, deux châteaux déjà en ruine, le principal, dit des Anglais, à l'évêque de Cahors, et un autre plus petit au seigneur de Cessac ». Depuis longtemps le château-fort, devenu inutile était tombé en ruines. Il en était de même pour le château des évêques, délaissé peu à peu pour celui de Mercuès. Il passa, quelque temps après, entre les mains des abbés de Beaufort, qui le transformèrent en une vaste habitation.

La Révolution décréta la confiscation des biens ecclésiastiques et la propriété du grand séminaire fut vendue à des habitants. Par décret du 26 Ventôse An II (16 mars 1794) tous les clochers de la commune devaient être démolis. La démolition de celui de Pradines fût adjugée au citoyen Jean Lacombe, charpentier, pour la somme de 15 livres et les trois cloches furent vendues à Cahors. Par délibération du même jour, le Conseil arrêtait « que le citoyen Calmon (le curé) et le citoyen Constans (l'ancien curé), sortiront du territoire de la commune dans le delay de 24 heures ».

La tourmente passée, l'église rouvrit ses portes, et un nouveau curé, M. d'Hélyot, reprit les offices.